H θεωρία του μαθήματος καλύπτει όλα τα βασικά κεφάλαια οργάνωσης, εξοπλισμού και λειτουργίας του σύγχρονου βιοχημικού εργαστηρίου (είδη βιοδεικτών, μέθοδοι ανάλυσης, λειτουργία αυτόματων αναλυτών, επαλήθευση εργαστηριακών μεθόδων, εσωτερικός και εξωτερικός έλεγχος ποιότητας) καθώς επίσης και τα είδη των βιοδεικτών και των μεταβολών τους για τον έλεγχο διαφόρων παθολογικών καταστάσεων (π.χ. ηπατική νόσο, νεφρική νόσο, υπερλιπιδαιμία, διαβήτης, υπερουριχαιμία). Στο εργαστήριο γίνεται εκπαίδευση πάνω στις αναλύσεις της «κλασικής κλινικής χημείας» (π.χ. γλυκόζης, ουρίας, χολερυθρίνης, χοληστερίνης, ενζύμων) τόσο με δια χειρός μεθόδους όσο και σε αυτόματους αναλυτές. Ιδιαίτερη βαρύτητα δίνεται στη λειτουργία των βιοχημικών αναλυτών δηλαδή στον χειρισμό αυτών, στη βαθμονόμηση και στον έλεγχο ποιότητας τους.